R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。
首先是读入数据今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数
#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna
计算距离矩阵library(ape)
dd<-dist.dna(dna)
用到的是ape包中的dist.dna()函数
构建NJ树tree<-nj(dd)
用到的是ape包中的nj()函数
ggtree进行可视化library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)
image.png 做bootstrap检验bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
trees = TRUE)
将得到的bootstrap值合并到tree中tree$node.label<-bs.tree$BP
这一步不知道对不对，好像是有问题，暂时还不知道如何验证
结果里展示bootstrap值ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)+
geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)
看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注天达云行业资讯频道，感谢您对天达云的支持。