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bedtools 转换bam文件为fastq文件

bamToFastq

Tool:    bedtools bamtofastq (aka bamToFastq)
Version: v2.25.0
Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files.

Usage:   bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FQ>

Options:
        -fq2    FASTQ for second end.  Used if BAM contains paired-end data.
                BAM should be sorted by query name is creating paired FASTQ.

        -tags   Create FASTQ based on the mate info
                in the BAM R2 and Q2 tags.

Tips:
        If you want to create a single, interleaved FASTQ file
        for paired-end data, you can just write both to /dev/stdout:

        bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq

直接转换成fastq 例如可以：

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq

如果需要区分出bam文件中paired reads 可以：

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq

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