这篇文章主要介绍MCscan如何做基因组共线性分析，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！

多基因组基因水平共线性分析

在 多基因间共线性及局部基因水平的共线性  和  基因组间共线性分析  里讲了MCscan如何做基因组共线性分析，这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。

方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子，葡萄和可可为例，方法如下:

$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.peach.lifted.anchors --iter=1 -o grape.peach.i1.blocks
$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.cacao.lifted.anchors --iter=1 -o grape.cacao.i1.blocks
$ python -m jcvi.formats.base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks

筛选关注的区域进行展示，这里展示前50列：

$ head -50 grape.blocks > blocks2

blocks2文件格式如下：

GSVIVT01012261001	.	.
GSVIVT01012259001	ppa005716m	.
GSVIVT01012258001	.	.
GSVIVT01012257001	ppa002846m	.
GSVIVT01012255001	ppa000919m	Thecc1EG011472t1
GSVIVT01012253001	ppa010733m	Thecc1EG011473t1
GSVIVT01012252001	ppa015194m	Thecc1EG011474t1

配置文件如下：

# x,   y, rotation,     ha,     va, color, ratio,            label
0.5, 0.6,        0, center,    top,      ,     1,       grape Chr1
0.3, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, peach scaffold_1
0.7, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, cacao scaffold_2
# edges
e, 0, 1
e, 0, 2

运行画图：

$ cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed 
$ python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout

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